Tėvai – Kazimieras ir Elzbieta Gustaičiai. Buvo antras vaikas šeimoje. Broliai ir seserys: Kazimieras, Juozas, Mykolas, Agota. Motiejui einant aštuntus metus, mirė jo motina. Mokėsi Aukštosios Panemunės pradinėje mokykloje, Marijampolės gimnazijoje, Seinų kunigų seminarijoje.
1918 m. grįžo į Lietuvą, paskirtas Seinų „Žiburio“ gimnazijos direktoriumi. Lenkams užėmus Seinus, 1920 m. gimnazija perkelta į Lazdijus. Lazdijuose gyveno iki mirties, toliau ėjo gimnazijos direktoriaus pareigas. Jo dėka gimnazijai nupirktas namas su žemės sklypu, įsteigti moksleivių bendrabučiai, valgykla.
Parašė pirmąjį lietuvišką literatūros teorijos vadovėlį „“ (1923 m.).
Atminimo įamžinimas
Koplystulpis M.Gustaičiui LazdijuoseJo kapas Lazdijų kapinėse – vietinės reikšmės istorijos paminklas.
Lazdijuose veikia Motiejaus Gustaičio memorialinis muziejus, įsteigtas jo gyventame name. Ekspozicijoje rodomos nuotraukos, knygos, laiškai, prisiminimai, pasakojantys apie M. Gustaičio gyvenimą ir kūrybą.
Viena iš Lazdijų gatvių pavadinta Motiejaus Gustaičio vardu.